黃連藥理作用：

1、抗菌作用

2、抗真菌作用

3、抗病毒作用

4、抗阿米巴作用

5、抗炎、抗腹瀉作用

6、對心血管作用

7、解熱作用

8、降血糖作用

9、降血脂作用

10、抗氧化作用

11、對血液系統的影響

12、抗潰瘍作用[2] 

適合人群：胃虛嘔惡，脾虛泄瀉，五更腎瀉者，均慎服。

藥用禁忌：本品大苦大寒，過服久服易傷脾胃，脾胃虛寒者忌用。苦燥傷津，陰虛津傷者慎用。

《局方》三黃丸：治丈夫、婦人三焦積熱。上焦有熱攻沖眼目赤腫頭項腫痛口舌生瘡；中焦有熱心膈煩躁不美飲食；下焦有熱小便赤澀大便秘結五臟俱熱即生疽癤瘡痍及五般痔疾糞門腫痛或下鮮血：黃連（去須、蘆）、黃芩（去蘆）、大黃（煨）各十兩。上為細末煉蜜為丸如梧桐子大。每服三十丸用熟水吞。如臟腑壅實加服丸數。小兒積熱亦宜服之。

《傷寒論》黃連湯：治傷寒，胸中有熱，胃中有邪氣，腹中痛欲嘔吐者：黃連150克，甘草150克（炙），干姜150克，桂枝150克（去皮）人參100克，半夏250克（洗）大棗十二枚（擘）。上七味以水一斗，煮取六升，去滓。溫服晝三夜二。

《直指方》黃連安神丸：治心煩懊依反復，心亂，怔仲，上熱胸中氣亂。心下痞悶。食入反出：朱砂20克，黃連25克生甘草12.5克。為細末，湯浸，蒸餅丸如黍米大。每服一十九食后時時津唾咽下。